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2. Conduite à tenir diagnostique

Diagnostic positif

==== Biologie des syndromes septiques

Il convient d’identifier un certain nombre d’éléments biologiques plaidant en faveur d’un syndrome septique sans pour autant l’affirmer.Le biomarqueur idéal spécifique d’une infection bactérienne, fongique ou virale n’existe pas. C’est l’association du faisceau d’arguments cliniques et biologiques qui fait porter le diagnostic de sepsis ou syndrome septique.

Parmi les éléments utilisés en pratique clinique, nous identifions :
- Hyperleucocytose à polynucléaires neutrophiles > 12 G/L ou leucopénie < 4G/L (à l’exclusion des neutropénies induites), qui peuvent signer une infection bactérienne,
- Protéine C réactive (CRP ou PCR) et procalcitonine (PCT), qui sont des biomarqueurs inflammatoires non spécifiques mais dont l’augmentation franche a une valeur d’orientation. Toutefois, ils ont une bonne valeur prédictive négative et peuvent servir d’éléments de suivi pour le contrôle du site infectieux et éventuellement la durée d’une antibiothérapie.

Pour approfondir :
- TREM-1 (Triggering Receptor Expressed on Myeloid cells) appartient à la superfamille des immunoglobulines et est exprimée à la surface des neutrophiles, des monocytes matures et des macrophages. Cette molécule est impliquée à la phase très précoce de la réponse inflammatoire qu’elle soit d’origine infectieuse ou non. Son potentiel diagnostic par sa forme soluble (sTREM-1), de suivi ou d’intérêt thérapeutique est encore à prouver mais pourrait faire l’objet d’une cible spécifique de traitement.
- CD64 (Fcγ RI) est une famille de récepteurs indiquant un cluster de différentiation qui serait préférentiellement exprimée à la surface des polynucléaires neutrophiles et des macrophages stimulés par une infection d’origine bactérienne.

Hémocultures

Lorsque l’on parle de bactériémie ou de fongémie, l’hémoculture est l’examen de référence qui fait poser le diagnostic.

Conditions de prélèvement

Afin d’éviter les « contaminations » ou souillures qui peuvent positiver faussement les hémocultures, il convient de respecter des règles d’asepsie stricte lors du prélèvement :
- Nettoyage puis antisepsie de la peau dans le champ de prélèvement, port de masque, champ et gants stériles,
- Ponction veineuse périphérique,
- Volume de 5 à 10ml par flacon, toujours flacon aérobie en premier puis anaérobie,
- 2 à 3 séries de prélèvements :

  • idéalement au moment de la « décharge septique » (frissons, T°≥ 38,5°C, marbrures, poussée hypertensive)
  • sepsis non sévère : au moins 30 minutes entre chaque prélèvement
  • sepsis grave, choc septique : le plus rapidement possible

- Le prélèvement doit être réalisé de principe avant toute antibiothérapie mais ne doit pas retarder le traitement antibiotique

Interprétation des résultats

Pas d’examen direct pour les hémocultures. Diagnostic de la présence de germe par un automate qui détecte une pousse bactérienne. La durée d’incubation standard est de 5 jours. Le délai de pousse pour les bactéries aérobies usuelles ne dépasse pas 48h et est fonction de l’inoculum bactérien.

Les facteurs à prendre en compte sont :
1 Le type de germe :

  • Staphylococcus aureus (SA) : toujours pathogène. Rechercher systématiquement une endocardite associée
  • Staphylocoques à coagulase négative (SCN) ou staphylocoques « blancs » (Staphylococcus epidermidis, capitis, haemolyticus….): une seule hémoculture est souvent une contamination. Si plusieurs hémocultures sont positives, il faut que le germe soit identique sur tous les flacons (même profil de sensibilité sur l’antibiogramme)
  • Autres germes aérobies (bacilles à gram négatif, streptocoques, entérocoques…) : toujours pathogènes
  • Bactéries anaérobies (corynébactérie, bacteroïdes…) : délai de pousse > 48 – 72h : à prendre en compte en fonction du contexte clinique

2 Le nombre d’hémocultures positives : fonction de l’inoculum bactérien et du foyer

3 Le délai de pousse :

  • Plus il est rapide, plus l’inoculum bactérien est important
  • Cas particulier des staphylocoques : un délai de pousse rapide (< 18h) est plus en faveur d’un S. aureus qu'un staphylocoque coagulase négative
  • Présence d’un cathéter veineux central ou périphérique : cf. chapitre dédié 

Diagnostic étiologique

Selon la porte d’entrée et le terrain

Tableau 1 Pari microbiologique selon la porte d'entrée supposée

Site Micro-organisme Facteurs de risques
Peau Staphylocoque Toxicomanie
Streptocoque Erysipèle, plaie, brûlures
Tube digestif Entérobactéries Cirrhose, Diverticules, Polypes
Entérocoques
Streptocoques D
Anaérobies
Voies biliaires Entérobactéries Obèse, Lithiase biliaire, CPRE récente
Entérocoques
Streptocoques D
Anaérobies
Poumon Klebsiella pneumoniae Alcoolisme, Sujet âgé, inhalation
Pneumocoque
Endocarde Staphylocoques Cathéters veineux, Gestes dentaires, Valvulopathie, Tumeur colique
Streptocoques
Entérocoques
Voies urinaires Entérobactéries Obstacle, Sondage à demeure, Gestes sur l'arbre urinaire
Entérocoques
Pseudomonas aeruginosa
Voies vasculaires Staphylocoques Toxicomanie, cathéters veineux +++
Bacilles gram négatif
Levures

Tableau 2 Pari microbiologique selon le terrain du patient

Terrain Micro-organisme
Neutropénie courte durée Bacilles à gram négatifs
Staphylocoques, streptocoques, entérocoques
Neutropénie prolongée (>7j) Bacilles à gram négatifs
Staphylocoques, streptocoques, entérocoques
Pseudomonas aeruginosa
Candida
Splénectomie et asplénie Pneumocoques, méningocoque et haemophilus
Myélome, LLC Pneumocoques
VIH Pneumocoques, Pseudomonas aeruginosa
Infections liées aux soins BMR, Staphylococcus aureus

LLC: Leucémie Lymphoïde Chronique, VIH: Virus de l'Immunodéficience Humaine, BMR: Bactéries Multi Résistantes

Infections liées au cathéter (ILC)

Généralités

  • Epidémiologie :

Fréquence 25% (cathéter veineux central, périphérique et chambre implantable), 3ème cause d’infection associée aux soins, évitable, avec une mortalité directe attribuable de 12%. Paramètre de suivi : densité d’incidence (nombre nouveau cas / somme des durées de cathétérisme) = 1-2 ILC / 1000j de cathétérisme

  • Physiopathologie :

En moins de 48h, l’extrémité intra vasculaire du cathéter est recouverte par du matériel fibrino-cruorique facilitant l’adhésion bactérienne (colonisation). Il existe 3 modes d’infection du cathéter:
i) Exogène/exoluminale : à partir de la peau du malade + effraction cutanée : les bactéries évoluent le long du cathéter. Dans les 15 premiers jours, suspecter une contamination à la pose, lors des soins de réfection de pansement ou par un pansement non occlusif.
ii) Endogène/endoluminale : à partir du connecteur (branchement des voies). Souvent après 15j. Augmente avec le nombre de manipulations.
iii) Hématogène : < 5%

  • Germes :

Staphylocoques coagulase négative 50%
Staphylocoque aureus 20%
Candida 12%
Bactéries à Gram négatif et entérocoques

Définition de l’ILC

Deux points essentiels :
- La culture du cathéter doit être systématique et selon la méthode quantitative (Brun Buisson). Cette méthode utilise la culture de l’extrémité du cathéter sectionné de façon stérile lors du retrait. Les résultats sont rendus en unités formant colonies (UFC) par millitre pour quantifier le nombre de bactéries
- La recherche d’une thrombose vasculaire associée doit être systématique car prolonge la durée du traitement (± endocardite selon germe)

Les seuils communément admis pour l’ILC figurent dans le tableau 3.

Tableau 3: Seuil de positivité de la culture de cathéter

Type Unités Formant Colonies/ml
Contamination < 103 UFC/ml
Colonisation ≥ 103 UFC/ml sans signe infectieux lié au cathéter
Infection ≥ 103 UFC/ml avec signes infectieux cliniques (locaux/systémique) ou microbiologiques

Clinique

Les signes locaux francs sont un écoulement purulent au point d’entrée, une tunnellite ou une cellulite.
Les signes généraux typiques sont un syndrome infectieux au branchement avec résolution immédiate au retrait du cathéter.
L'ILC est: probable en cas de bactériémies à germes cutanés, en l’absence d’autre foyer;
certaine lorsque la bactériémie est associée à un des éléments suivants:
i) culture du cathéter cathéter ≥ 103 UFC/ml;
ii) pus au point de ponction avec culture positive au même germe;
iii) régression du syndrome infectieux au retrait;
iv) différentiel entre les hémocultures positives sur cathéter et négatives en périphérie.
quantitative : quantité d’hémocultures sur cathéter > 4 x hémocultures périphériques;
qualitative : la positivité synchrone des hémocultures sur cathéter et en périphérie est en faveur d’une bactériémie d’autre origine. A l'inverse, une positivité dissociée (seuil>2H) est en faveur d’une ILC.

Conduite à tenir en cas d’ILC ou de suspicion d’ILC

Les indications formelles de retrait englobent :

  • L'existence d'un choc septique
  • Des signes locaux francs
  • Des germes de type Staphylocoque aureus, candida et Pseudomonas aeruginosa
  • L'échec de traitement avec cathéter en place (persistance signes cliniques et hémocultures positives)

L'ILC peut être éliminée lorsqu'un cathéter est en place en réalisant un prélèvement cutané au point de ponction (< 15j) et des hémocultures.

Diagnostic de gravité

Dans les 3 situations suivantes l’ANTIBIOTHERAPIE dans doit être administrée dans l’HEURE !

Sepsis sévère / choc septique (cf. item n°328)

Purpura fulminans (cf. item n° 148)

C’est une urgence diagnostique et thérapeutique. Devant tout syndrome septique grave, il convient de rechercher des lésions de purpura : éléments ≥ 3 mm, diffus, ecchymotiques et nécrotiques.Quatre bactéries sont concernées : méningocoque, pneumocoque, staphylocoque et haemophilus.
C'est une bactériémie avant d’être une méningite : PAS de ponction lombaire (dangereux car souvent troubles de l’hémostase associés, consommatrice de temps et à l’origine de retard à l’introduction de l’antibiothérapie).
Le traitement antibiotique à initier en urgence est une céphalosporine de 3ème génération (ex : ceftriaxone, cefotaxime).

Fongémie

Généralités

  • Epidémiologie :

Quarante pour cent des candidémies sont diagnostiquées en soins intensifs et réanimation. Le genre candida représente 80% des infections fongiques, 7 à 15 x plus fréquent que l’aspergillose. La mortalité de 40 à 60% (dont 50% dans les 5 premiers jours) est en augmentation globale, car implique de plus en plus de candida non albicans (glabrata +++ 20 à 30%) avec une fréquente résistance aux antifongiques de la classe des azolés.

  • Principaux facteurs de risque :

- Patients âgés et dénutris, patients d’onco-hématologie (neutropéniques) ou hospitalisés en réanimation
- Chirurgie digestive surtout sus-mésocolique
- Exposition aux antibiotiques
- Traitements immunomodulateurs et immunosuppresseurs
- La présence de cathéters
- La nutrition parentérale

Diagnostic

  • Hémocultures positives à candida :

- positives dans 40% des infections profondes, 27% si co-infection bactérienne
- une seule hémoculture positive suffit pour faire le diagnostic de fongémie
- le délai de pousse sur milieu bactérien standard est ≥ 3 jours
- la nécessité de milieu spécifique (ISOLATOR®) amène le délai de pousse à 17-24h
- l’identification de l’espèce prend 48h en technique classique (culture sur milieu de Sabouraud), ce délai étant aujourd’hui réduit à <24h avec les technique de spectrométrie de masse (MALDITOF®)

  • Bilan d’extension systématique :

- Scanner corps entier injecté à la recherche de foyers de dissémination
- Fond d’œil : recherche de nodules rétiniens blanchâtres
- Echographie cardiaque transoesophagienne pour rechercher une endocardite
- Si cathéter en place, retrait systématique et mise en culture

Bactéries à risque d’endocardite

Le risque dépend du germe: Staphylococcus aureus +++++ > Enteroccus sp +++ > Streptococcus sp ++
Ce risque est majeur lorsque plusieurs hémocultures sont positives et qu'il existe une valvulopathie préexistante.L'échographie cardiaque doit être régulière, car réalisée trop tôt, elle expose au risque de faux négatifs. Privilégier l’échographie transoesophagienne.

Item n°154: Septicémie, bactériémie, fongémie de l’adulte et de l’enfant

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